صُبغت موادّ الدستور والنظام القانوني،ّ بشكل عام، بملامح تمييزيّة واضحة قائمة على أنّ حقوق الأقلّيّات الدينيّة وحرّيّاتها مرهونة بما يَعترف ويَسمح به دين الأغلبيّة (الإسلام)؛ الأمر الذي يهدّد بشكل مباشر الحقّ في المساواة، وعدم التمييز. لم يعترف الدستور إلّا بالديانات التي أسماها الديانات السماويّة (الإسلام، والمسيحيّة، واليهوديّة)، وهو ما يترتّب عليه حرمان أتباع العقائد الأخرى غير المعترف بها (مثل: البهائيّين والأحمديّين)، حقوقَهُم الدينيّة والمدنيّة. لا يملك أتباع هذه العقائد أيّة دور عبادة، ولا يستطيعون تسجيل معتقداتهم الحقيقيّة في الأوراق الرسميّة، وغير معترَف بعقود الزواج والطلاق فيما بينهم، وتجري ملاحقتهم قضائيًّا بسبب معتقداتهم الدينيّة. يُلزِم الدستورُ، في المادة السابعة، الأغلبيةَ المسلمة نفسها، اتِّباعَ مذهب واحد، وتفسير حصريّ للإسلام مِن قِبل مؤسّسة الأزهر، في حين تُجعَل المادّة الثالثة – الخاصة بالأحوال الشخصيّة للمسيحيّين واليهود – حصريًّا في يد المؤسّسات الدينيّة، وهو ما يمنحها مزيدًا من السلطة على أتباعها دينيًّا.

تَسمح قوانين الدولة بالتحوّل من أيّ ديانة ومعتقد إلى الإسلام، حيث يحصل مَن يرغب في ذلك على شهادة إشهاد الإسلام من الأزهر، فيقدّمها إلى وزارة الداخليّة لتغيير خانة الديانة في الأوراق الرسميّة؛ في حين لا تسمح مؤسّسات الدولة بالتحوّل من الإسلام إلى أيّ ديانة أخرى. لذلك، لا يستطيع المصريّون الذين يولدون على الإسلام، ويتحوّلون فيما بعد إلى المسيحيّة، تسجيل ديانتهم الحقيقيّة في الأوراق الرسميّة.

يتضمّن قانون العقوبات المصريّ تجريم ما يُعرف ب «ازدراء الأديان»، وهي موادّ جاءت صياغتها فضفاضة وغير محدّدة، وتُستخدم على نطاق واسع لملاحقة نشطاء في المجموعات الدينيّة التي هي أقلُّ عددًا، مثل: المسيحيّون، والمسلمون الشيعة، والملحدون، إضافةً إلى قطاع من المسلمين السُنّة الذين يحملون آراءً مختلفة عن تلك التي تدعمها الأنظمة السياسيّة الحاكمة، أو المؤسّسات الدينيّة الرسميّة.

وبالرغم من عدم تجريم الردّة، والتخلّى عن الإسلام، والتبشّر بشكل واضح ومحدّد في منظومة القوانين المصريّة إلّا أنّ الجهات القضائيّة تستخدم موادّ ازدراء الأديان لإدانة من يعلنون التخلّى عن الإسلام، ومن يقومون بنشاط تبشيري.

إنتقدت تقارير عدّة دوليّة ومحلّيّة النظام التعليميّ في مصر، باعتباره مصمّم بطريقة تعزّز وجهة نظر الأغلبيّة السُنّيّة للإسلام، وتشجّع التمييز ضدّ الأقلّيّات الدينيّة. وهو ما دعا الحكومة للإعلان عن مراجعة المناهج الدراسيّة، وإجراء بعض التحسينات، وحذف الدروس التي تدعو للعنف ضدّ الآخر الديني، لكن لا يزال هناك المزيد من العمل الذي يتعيّن القيام به في ظلّ استمرار المحتوى التمييزي، وفصل التلاميذ في حصّة الدين، وإجبار المسيحيّين على مغادرة الفصل، والحصول على دروس الدين في فناء المدرسة.

تملك المؤسّسات الدينيّة الإسلاميّة الرسميّة عددًا من السلطات والصلاحيّات، إضافةً إلى مهامها الدعويّة، والتعليميّة، والخدماتيّة، وذلك في بيان الرأي الشرعيّ أمام البرلمان والمحاكم ( راجع) والرقابة على الكتب. واتّسم موقف المؤسّسات الدينيّة الإسلاميّة بالتشدّد تجاه المجموعات الدينيّة الأقلُّ عددًا، سواءً في صورة تصريحات صادرة عن قيادات هذه المؤسّسات، أو في صورة فتاوى صادرة عنها، كما هو الموقف من حقوق البهائيّين، والشيعة، والقرآنيّين، أو في شكل الردود على استفسارات الجهات الرسميّة: كالمحاكم، ووزارة الثقافة بخصوص الموقف من هذه المجموعات في بعض القضايا، حيث تضمّنت بعض هذه الردود وسمًا بالكفر، والعلاقة بالخارج، والعمل على تهديد السِلم الاجتماعي.

ويتمتّع مجمَع البحوث الإسلاميّة بالأزهر بالسلطة القانونيّة لرقابة، ومصادرة أيّ منشورات تتناول القرآن الكريم والسُنّة النبويّة، ومصادرة المطبوعات، والأشرطة، والخطَب، والموادّ الفنّيّة التي تُعتبَر متعارضة مع تفسيرها للشريعة الإسلاميّة.