صُبغت مواد الدستور والنظام القانوني بشكل عام بملامح تمييزية واضحة، قائمة على أن حقوق الأقليات الدينية وحرياتها مرهونة بما يَعترف ويَسمح به دين الأغلبية (الإسلام)، وهو ما يهدد بشكل مباشر الحق في المساواة وعدم التمييز. لم يعترف الدستور إلا بالديانات الإبراهيمية، والتي أسماها الدستور المصري الديانات السماوية (الإسلام والمسيحية واليهودية)، وهو ما يترتب عليه حرمان أتباع العقائد الأخرى غير المعترف بها (مثل البهائيين والأحمديين)، حقوقَهُم الدينية والمدنية. لا يملك أتباع هذه العقائد أية دور عبادة، ولا يستطيعون تسجيل معتقداتهم الحقيقية في الأوراق الرسمية، وغير معترَف بعقود الزواج والطلاق فيما بينهم، وتجري ملاحقتهم قضائيًّا بسبب معتقداتهم الدينية.

يُلزِم الدستورُ في المادة السابعة الأغلبيةَ المسلمة نفسها، اتِّباعَ مذهب واحد وتفسير حصري للإسلام، مِن قِبل المؤسسة الدينية الرسمية (الأزهر)، في حين تُجعَل المادة الثالثة الخاصة بالأحوال الشخصية للمسيحيين واليهود حصريًّا في يد المؤسسات الدينية، وهو ما يمنحها مزيدًا من السلطة على أتباعها دينيًّا.

تَسمح قوانين الدولة بالتحول من أي ديانة ومعتقد إلى الإسلام، حيث يحصل مَن يرغب في ذلك على شهادة إشهاد الإسلام، والتي يقدمها إلى وزارة الداخلية لتغيير خانة الديانة في الأوراق الرسمية. ولا تسمح مؤسسات الدولة بالتحول من الإسلام إلى أي ديانة أخرى. لذلك، لا يستطيع المصريون الذين يولدون على الإسلام ويتحولون فيما بعد إلى المسيحية، تسجيل ديانتهم الحقيقية في الأوراق الرسمية.

يتضمن قانون العقوبات المصري تجريم ما يُعرف بـ”ازدراء الأديان”، وهي مواد جاءت صياغتها فضفاضة وغير محددة، وتُستخدم على نطاق واسع لملاحقة نشطاء في المجموعات الدينية التي هي أقلُّ عددًا، مثل: المسيحيين، والشيعة، والملحدين، إضافة إلى قطاع من المسلمين الذين يحملون آراءً مختلفة عن تلك التي تدعمها الأنظمة السياسية الحاكمة، أو المؤسسات الدينية الرسمية.

تملك المؤسسات الدينية الرسمية كثيرًا من السلطات والصلاحيات، بخلاف مهامها الدعوية والتعليمية والخدمية، وذلك في بيان الرأي الشرعي أمام البرلمان والمحاكم والرقابة على الكتب، وهو ما انعكس على موقف المؤسسات الدينية الإسلامية المتشدد من المجموعات الدينية التي هي أقلُّ عددًا، سواءٌ في صورة تصريحات صادرة عن قيادات هذه المؤسسات، أو في صورة فتاوى صادرة عنها، أو في شكل مخاطبات رسمية إلى الجهات التي تطلب رأيها في قضايا محددة، والتي وسمت بعضها بالكفر، والعلاقة بالخارج، والعمل على تهديد السِّلْم الاجتماعي.

تشهد مصر من وقت إلى آخر أعمال توتر وعنف طائفي، خصوصًا بين المسلمين والمسيحيين. وتنوعت أنماط حوادث العنف خلال السنوات الأخيرة، بين عنف ناتج من بِناء دور العبادة وعنف بسبب الحساسيات الاجتماعية، كالروابط الزوجية بين مسيحيين ومسلمات. وتُعتبر الجلسات العرفية أحد أوجه الانتهاكات، حيث تُعَدُّ آلية بديلة للتقاضي الطبيعي في حالات التوتر والنزاعات الطائفية. وعادة ما تكون قراراتها لمصلحة أقوى الأطراف، وتَنتهك حقوقًا دستورية، مثل غلق كنيسة لعدم موافقة الأهالي المسلمين في المنطقة على وجودها، أو تهجير أُسَر بكمالها نتيجة قيام شخص ما بخطأ.

أيضًا تعرضت بعض المجموعات الدينية التي هي أقلُّ عددًا لبعض الاعتداءات، مثل: الشيعة والبهائيين والملحدين، وذلك بسبب انتماءاتهم الدينية، ورفض الجيران لوجودهم.

تعرضت عشرات الكنائس والمباني الدينية ومنازل أقباط للنهب والحرق خلال آب/أغسطس 2013، ذلك عقب فضِّ اعتصامَيْ رابعة والنهضة على يد أنصار جماعة الإخوان المسلمين. أيضًا شهدت مصر خلال السنوات التالية موجة من الاعتداءات الإرهابية الدامية، والتي راح ضحيتها مئات من المصريين. وأعلن تنظيم الدولة الإسلامية في العراق والشام (داعش) مسؤوليته عن بعضها، كذلك أعلنت جماعات إسلامية مسلحة أخرى، وبعض المواطنين من المؤمنين، دوافع وأفكارًا تدعم ارتكاب عدد من الأحداث الأخرى.

بلغَت أحداث الاستهداف على الهوية الدينية ذروتها عامي 2016 و2017، حيث استُهدِفت دُور عبادة مسيحية وزُوَّار دينيون، ورجال دين مسيحيون. كان مِن أبرز الحوادث تفجير الكنيسة البطرسية بالقاهرة، والكاتدرائية المرقسية بالإسكندرية، وكنيسة مارجرجس بمدينة طنطا، وأقباط مدينة العريش. وطالت الاعتداءات مسجد الروضة الصوفي، بمدينة بئر العبد في محافظة شمال سيناء. وقد تراجعت هذه الحوادث خلال السنوات الأخيرة.